Filmul, bazat pe fapte reale, ne poarta in Romania sfarsitului anilor 1940 si inceputul anilor 1950, o Romanie stalinista unde regimul la putere incepe prigoana impotriva propriului neam si propriei credinte. Nicoleta, o tanara intelectuala romanca este arestata. Crima sa este dubla: ea face parte dintr-un partid politic de opozitie si este nepoata pe linie materna a lui Iuliu Maniu.

In prima perioada a detentiei la Malmaison, eroina este interogata si torturata pana la extenuare, pana aproape de acea granita nevazuta intre viata si moarte. Regasindu-se singura in fata acestei insuportabile si interminabile suferinte, cand nimeni si nimic nu mai lasa sa se intrevada vreo speranta, Nicoleta descopera in adancurile misterioase ale firii puterea credintei. Intalnirea cu Dumnezeu ii da eroinei libertatea interioara si curajul sa se opuna si sa reziste monstruozitatii anchetatorilor. Ea reuseste sa-si apare nu numai convingerile politice ci si pe cele religioase. Cand suferi pana la limita suportabilului „poti sa mori sau poti sa-l gasesti pe Dumnezeu”. Dar, din momentul cand Dumnezeu apare in viata celei care sufera, forta ei este fara margini… Dupa trei luni, Nicoleta este transferata la inchisoarea din Mislea, unde devine un exemplu de rezilienta si devotare pentru detinute. De acolo, ea este transferata la canalul Dunare-Marea Neagra… Dupa patru ani de detentie, este eliberata fara a fi niciodata judecata. Aceasta perioada grea de incercare nu a facut decat sa o transforme in figura de frunte a rezistentei si jertfei crestine romanesti si, prin extrapolare, a jertfei crestine universale.

Filmul este ecranizarea ecranizarea scrierii, cu caracter autobiografic, a scriitoarei Nicole Valéry-Grossu „Bénie sois-tu, prison”.
Regizorul Nicolae Margineanu a realizat acest film ca o „datorie morala”, deoarece tatal sau, psihologul Nicolae Margineanu, a fost inchis de comunisti 16 ani ca detinut politic.

„”Binecuvântata fii, închisoare” a fost o datorie morala, un film închinat acestor oameni care au suferit atât de mult. Ma bucur ca am reusit sa-l fac si îl consider filmul cel mai important din cariera mea” (Nicolae Margineanu).