Prima biserică din satul Oniţcani, despre care avem date de arhivă datează din 1797. Ea a fost construită din lemn din jertfele enoriaşilor, în 1831 restaurată, în 1871 a fost montat un iconostas nou, în interior era tencuită, acoperişul înnoit în 1864 era din şindrilă. Hramul bisericii era în cinstea Arhanghelului Mihail. În 1907, atunci când în Oniţcani era deja construit un locaş din piatră, biserica din lemn a fost demolată. La 21 iulie 1907 Consistoriul duhovnicesc din Chişinău a emis, în acest sens, următoarea hotărâre: „Se permite demolarea clădirii de lemn a bisericii vechi din Oniţcani, prestolul în timpul cântării de psalmi să fie ars, iar cenuşa să fie aruncată în apă curgătoare; pe locul prestolului de construit ceva nu prea mare din piatră; lemnul bisericii demolate, care va fi bun, să fie folosit pentru îngrădirea locului care îl ocupă biserica, iar celălalt să fie folosit pentru coacerea prescurelor”. Hotărârea a fost aprobată la 1 august de episcopul vicar Arcadie Filonov (1887-1907) şi a început să fie executată începând cu 8 august 1907. S-a păstrat şi o fotografie a bisericii de lemn, care însă din cauza vechimii nu este prea clară, deşi ne dă totuşi o anumită imagine despre formele ei arhitecturale.

    Locaşul de cult care se înalţă astăzi în satul Oniţcani a fost construit în 1892. Din datele de arhivă aflăm că „construirea bisericii de piatră a fost începută la 24 iunie 1888 şi târnosită la 25 mai 1892 de către episcopul Isaachie Polojenski (1891-1892). Construcţia a fost ctitorită de proprietarul de pământ în Oniţcani, moşierul Nicolae Zagura, împreună cu soţia sa Zinovie şi de comunitatea sătească Oniţcani. Locaşul este încununat cu cinci cupole din piatră, dintre care cel din mijloc este cel mai mare şi este străpuns de ferestre; clopotniţa unită cu întregul clădirii are forma acoperişului ascuţită; acoperişul este din tablă metalică. Prestolul este unul în cinstea Arhanghelului Mihail. Hramului este în ziua Pogorârii Sfântului Duh asupra Apostolilor”.

   Prima reparaţie a fost efectuată în 1899 din banii ctitorului bisericii moşierul N. Zagura. În 1908 a fost din nou reparată din banii moşierului A. Sinadino (moştenitorul familiei Zagura). În 1913 acoperişul şi cupolele au fost vopsite cu culoare verde.

    În 1942 era preconizată o nouă reparaţie capitală (biserica suferise din cauza politicii antibisericeşti promovate de către autorităţile sovietice în 1940-1941 şi din cauza cutremurului din 1940), a fost întocmită o smetă (deviz de cheltuieli) detaliată (o găsim în documentele de arhivă), dar în ce măsură această reparaţie a fost realizată nu ştim.

    Biserica a fost închisă în 1956 de către autorităţile sovietice. Locaşul a stat o perioadă pustiu, până când în 1979 s-a hotărât să fie transformat în muzeul satului. Icoanele şi tot ce s-a mai găsit prin biserică a fost ars, s-a făcut o anumită reparaţie în exterior şi interior, pereţii interiori au fost văruiţi, pe cupolă a fost reprezentată o scenă mare „Hora celor cincisprezece republici unionale”.

    În documentele de arhivă există şi anumite date despre preoţii care au slujit în parohia Oniţcani. În 1813 aflăm că erau doi preoţi: Constantin şi Bartolomeu.

     În perioada 1832-1866 la Oniţcani a slujit preotul Ieremia Popovici, născut în 1800, fiu de preot, în Seminar nu a învăţat, la 12 mai 1832 a fost hirotonit în treapta de preot pe seama parohiei Oniţcani de către ariepiscopul Dimitrie Sulima (1821-1844). A avut două fiice: Elizaveta şi Ecaterina.

     În perioada 1840-1865 a slujit şi preotul Grigorie Iacob, născut în 1807, fiu de preot, în Seminar nu a învăţat. La 13 ianuarie 1831 a fost numit prin hotărârea Consistoriului duhovnicesc din Chişinău dascăl în biserica din Vadul-lui-Vodă, la 26 februarie 1836 a fost transferat ca dascăl la Oniţcani. La 30 martie 1840 a fost hirotonit preot pe seama parohiei Oniţcani. A avut un fiu – Gheorghe, care în perioada 1865-1909 a slujit în parohia tatălui, la Oniţcani. S-a născut în 1841, în 1865 a absolvit Seminarul duhovnicesc din Chişinău. La 19 septembrie 1865 a fost hirotonit în treapta de preot pe seama parohiei Oniţcani în Catedrala din Chişinău de către episcopul Antonie Şokotov (1858-1871). La 3 noiembrie 1873 arhiepiscopul Pavel Lebedev (1871-1882) l-a numit paroh al bisericii din Oniţcani. La 4 octombrie 1888 arhiepiscopul Serghie Leapidevski (1882-1891) l-a numit blagocin al plasei Orhei. Soţia – Alexandra era fiica preotului Ilarion Barbosa. A avut un fiu – Nicon.

    Până în 1866 în statele de clerici ai parohiei Oniţcani erau două locuri. Atunci când preotul Ieremia Popovici s-a îmbolnăvit grav, el s-a adresat Consistoriului cu un demers de transfer a ginerelui lui (preotul Mihail Miţula din Zaicana) în locul său de preot la Oniţcani. Dar în acelaşi timp preotul Gheorghe Iacob a scris Consistoriului că parohia Oniţcani este săracă şi că cu greu ar întreţine un preot, nu tocmai doi. Ca urmare Consistoriul a hotărât la 12 decembrie 1866 ca la Oniţcani să fie doar un preot.

    Din 1909 la Oniţcani a slujit preotul Nicon Iacob. Născut în 1867, a absolvit în 1891 Seminarul teologic din Chişinău, la 8 octombrie 1891 a fost hirotonit în treapta de diacon de către episcopul vicar Arcadie, iar la 17 octombrie 1891 în treapta de preot pe seama bisericii din Holercani. La 24 octombrie 1896 a fost numit director al şcolii parohiale din Holercani. La 4 august 1909 a fost transferat de către episcopul Serafim Ciceagov (1908-1914) la Oniţcani, unde el a slujit şi în perioada interbelică. După al II-lea război mondial se cunoaşte că în 1949 preot era Timofei Cibotaru.

    În 1989 biserica din Oniţcani a fost deschisă datorită străduinţelor prot. Teodor Tudorache, care a slujit până în 1994, când a trecut la Domnul. O perioadă scurtă a slujit preotul Victor Pleşca, apoi din 6.10.1994 a fost numit prot. Ioan Turuta, care slujeşte şi până în prezent. În perioada după 1994 s-a muncit mult în vederea renovării, restaurării şi amenajării sfântului locaş din Oniţcani, astfel încât astăzi această biserică prin formele sale arhitecturale este una din cele mai frumoase din raionul Criuleni.